Beskid Sądecki charakteryzuje różnorodność warunków klimatycznych, te zaś zależą od położenia terenu nad poziomem morza. Wielkie znaczenie dla lokalnego klimatu ma także południkowy układ dolin Dunajca, Popradu i Białej, umożliwiający dopływ ciepłych mas powietrza z południa. W Beskidzie występują duże różnice wysokości bezwzględnej np. w dolinie Popradu od około 400 m  n.p.m. do 1265 m n.p.m. ? Radziejowa. Efektem takiej rozpiętości jest piętrowy układ stosunków klimatycznych. Zgodnie z typologią obszarów górskich charakteryzowany obszar mieści się w trzech jednostkach, których granice wiążą się ze średnią temperaturą roku. Jej wartość zmienia się tutaj od około 7 C do około 3 stopni C. Klimatyczne piętro umiarkowanie ciepłe sięga do wysokości 600-650 m n.p.m. odpowiadające izotermie rocznej 6 stopni C. Górną granicę piętra umiarkowanie chłodnego wyznacz średnia roczna temperatura 4 stopni C, związana z wysokością 1100 m n.p.m..

    Powyżej występuje piętro chłodne, o średniej rocznej temperaturze powietrza w granicach 4-2 stopni C. Najcieplejszym miesiącem na Sądecczyźnie jest lipiec. Średnie temperatury w niższych częściach terenu wahają się wtedy w granicach 15-18 stopni C. Powyżej 900 m n.p.m. nie spotyka się jednak ani jednego dnia z temperaturą powyżej 15 stopni C. Najniższe temperatury występują na przełomie stycznia i lutego. Wiosna zaczyna się w dolinach 11- 15 dni wcześniej niż w górnych partiach Beskidów. Początek lata przypada w dolinie Popradu na I dekadę czerwca ale w Krynicy dopiero na III dekadę tego miesiąca. Obok termiki nie mniej ważnym czynnikiem klimatycznym jest ilość opadów, które wykazują wyraźną zależność od wysokości n.p.m. W skali rocznej najwyższe opady występują w górnym piętrze Beskidu Sądeckiego, gdzie dochodzą do 1400 mm. Najniższe opady przypadają na Kotlinę Sądecką i kilka innych regionów osłoniętych od zachodu górami, w wyniku czego pozostają one tzw. cieniu opadowym. W Nowym Sączu spada przeciętnie w ciągu roku 726 mm opadu, Limanowej 789 mm, Piwnicznej 833 mm, Krynicy 894 mm, i Łabowej 1113 mm. Największa ilość opadów przypada na miesiące letnie ? czerwiec i lipiec. Wiosną opadów jest mniej niż jesienią.

Pierwsze opady śniegu pojawiają się już  w październiku a ostatnie w kwietniu. Najgrubsza warstwa śniegu  zdarza się najczęściej w III dekadzie stycznia i w lutym. Pokrywa śnieżna w najwyższych partiach  Beskidu zalega nawet 120 dni np. w Krynicy średnio 115 dni. Mówiąc o klimacie należy wspomnieć o wiatrach, których kierunek w dużej mierze zależy od konfiguracji trenu. W równoleżnikowej dolinie Dunajca dominują wiatry zachodnie, a w szerokiej Kotlinie Sądeckiej , wiatry z kierunków południowych. Przebieg doliny Popradu i układ otaczających ją wzniesień  powoduje zróżnicowanie przepływu powietrza.

    Odmiennie przedstawia się to zagadnienie w Krynicy, otoczonej z trzech stron wysokimi wzniesieniami. Dzięki takiemu ukształtowaniu terenu Krynica ma dużo dni bezwietrznych ? 48%. Bardzo osobliwym lokalnym zjawiskiem w dolinie Popradu pomiędzy Piwniczną a Starym Sączem jest wiatr o charakterze fenowym, zwany wiatrem ryterskim. Najczęściej wieje on w porze jesienno-zimowej, rzadziej w lecie. Siła tego wiatru nierzadko dochodzi do 25 m/s. Po raz pierwszy podział na  naturalne piętra roślinne podał dla Beskidu Sądeckiego Pawłowski [1925], jeden z  najwybitniejszych botaników polskich i najlepszy znawca roślinności Beskidu Sądeckiego. Pawłowski opierając się prawdopodobnie na roślinności Mikowej Góry koło Muszyny uznał, że najniżej położone piętro pogórza, w którym występuje bogata i różnorodna flora niżowa, sięga do wysokości 600 m n.p.m. Obecnie przyjmuje się, że średni zasięg tego piętra przebiega średnio na wysokości 550 m n.p.m., wyżej przy ekspozycji południowej , niżej przy ekspozycji północnej.

    W piętrze tym panowały mieszane lasy liściaste, zwane grądami [zespól Tilio-Carpinetum] z dębem szypułkowym Quercus robur, lipą drobnolistną Tilia cordata, grabem zwyczajnym Carpinus betulus. Obecnie jest to teren intensywnie wykorzystywany rolniczo. Lasy zaliczane do zespołu Tilio-Carpinetum, które są wyznacznikiem piętra pogórza, występują wzdłuż ca lej doliny Popradu, sięgając aż po Leluchów. W rezerwacie Obrożyska występują jeszcze na wysokości 620 m n.p.m. Podobnie jest w dolinie Dunajca, gdzie dochodzą do Krościenka. W dolinie Kamienicy Nawojowskiej laski grądowe występują obecnie  nieznacznie powyżej Łabowej. Powyżej piętra pogórza, aż do wysokości 1080-1100 m n.p.m. rozpościera się piętro regla dolnego, zajęte przez żyzne lasy jodłowo-bukowe Dentario gandulosae, ubogie kwaśne buczyny Luzulo-Fagetum, oraz lasy jodłowo- świerkowe Abieti-Piceeteum montanum. Powyżej 1100 m przy ekspozycji południowej i 1050-1080 metrów przy ekspozycji północnej, rozpościera się piętro regla górnego, które zasiedlone jest przez karpacki bór świerkowy. W porównaniu z innymi wysokimi pasmami górskimi, piętro to W Beskidzie Sądeckim jest obniżone około 150- 200 metrów, co związane jest z mniejszą masywnością pasma.

    W ogólnej powierzchni pasma Beskidu Sądeckiego, regiel górny  zajmuje tylko maleńki procent  powierzchni i o ile dobrze rozwinięty jest w paśmie Radziejowej, to w paśmie Jaworzyny ogranicza się tyko do części szczytowej Runka.